«Медуза» с самого момента основания была и остается интернет-проектом «мутным» как по своим целям и задачам, так и по финансированию. При создании этого нового информационного ресурса в 2014 году её основательница Галина Тимченко получила порядка четверти миллиона долларов от небезызвестного оппозиционного деятеля Михаила Ходорковского. Да и позже, как выяснилось из финансовой отчетности этого латвийского интернет-портала, «Медуза» не раз получала дополнительное финансирование в виде грантов от различных европейских организаций..
